La Universidad CAECE comenzó su actividad en abril de 1967.
Tras obtener rápidamente el reconocimiento provisorio del Ministerio de Educación de la Nación lanzó sus primeras carreras: las Licenciaturas en Matemática y en Sistemas. En su momento, la Licenciatura en Sistemas fue la primera de su índole creada en el país. Diez años más tarde abrió las carreras de Licenciaturas en Ciencias Biológicas y en Ciencias Pedagógicas. Dentro del área de Ciencias Pedagógicas se dictaba la Licenciatura en Psicopedagogía. A finales de los años setenta la Universidad había crecido y funcionaba en dos edificios: uno en la calle Solís y otro en la Av. Belgrano. El número de alumnos oscilaba entre 700 y 800. Se dictaban también seminarios extracurriculares (como el de Epistemología) y cursos de perfeccionamiento para profesores. Después de un largo proceso iniciado en 1978, que incluyó varias inspecciones y la presentación de una amplia y frondosa documentación, la Universidad CAECE obtuvo el reconocimiento definitivo del Ministerio de Cultura y Educación, el cual tiene un importante significado para las universidades privadas, puesto que les confiere una autonomía similar a la de las universidades estatales.

En 1982 la Universidad pasó a ocupar el edificio que durante 18 años fue su sede central, en Avenida de Mayo 1400, y a partir de abril de 1996 incorporó el edificio de Avenida de Mayo 866, sede Av. de Mayo, construido especialmente para el desarrollo de sus actividades educativas. Durante los años 2014 y 2015 se llevaron a cabo tareas de remodelación de dicho edificio y en el año 2016 comenzaron los trabajos de construcción de un nuevo edificio en el mismo terreno sobre la calle Hipólito Yrigoyen, cuya finalización está prevista para el año 2017.

Con respecto a las actividades de posgrado en 1997 se instrumentó una Maestría en el área de la Gestión Educativa en convenio con la Fundación para el Desarrollo de los Estudios Cognitivos (FUNDEC) y en el año 2000, a raíz de un convenio con la Fundación Walter Benjamin se crearon dos Maestrías en el área de la Comunicación. Las tres maestrías están acreditadas por la CONEAU.

Con el propósito de extender el servicio académico a otras ciudades importantes del país, en el año 1993 se firmó un convenio de colaboración académica con la Fundación Bolsa de Comercio de Mar del Plata, que dió inicio a actividades académicas en 1996. Dicho proceso se consolidó con la autorización del Ministerio de Educación de la Nación para constituir una sede de la Universidad en la ciudad de Mar del Plata en 1997. Las actividades de la sede CAECE Mar del Plata comenzaron formalmente en 1998. Allí se dictan las carreras de Traductor Público en Idioma Inglés, Contador Público, Ingeniería en Sistemas y las Licenciaturas en Sistemas, Turismo, Relaciones Públicas e Institucionales, Marketing, Administración Hotelera, Administración de Negocios, Diseño Gráfico y Comunicación Audiovisual y Publicidad.

En 1998 la Universidad CAECE incorporó Licenciaturas en Enseñanza para profesores que permite a docentes de nivel medio acceder a un título de grado universitario. Actualmente se dictan cinco de dichas licenciaturas en modalidad a distancia.

La expansión de la oferta académica continuó con la creación de diversas carreras, entre ellas Ingeniería en Sistemas y las Licenciaturas en Gestión Ambiental, Psicomotricidad, Psicología y Gestión de Sistemas y Negocios entre otras.

Origen del nombre
“CAECE” fue en un comienzo la abreviatura de “Centro de Altos Estudios en Ciencias Exactas”, pero posteriormente la incorporación de nuevas carreras hizo que tal denominación resultara inadecuada. Por ello se adoptó como nombre de la Universidad la palabra “CAECE”, sin puntos de abreviatura, y se dejó de lado el extenso nombre anterior.